L'assemblée générale du PMU réunit les représentants des 51 Sociétés de Courses membres du GIE-PMU.

L'Assemblée Générale a le pouvoir de statuer sur les comptes et de se prononcer sur le budget prévisionnel du Groupement.

Elle nomme, tous les 4 ans, le Président-Directeur Général et, sur proposition de ce dernier, le Directeur Général Délégué. Ces nominations sont agréées par le Ministre de l'Agriculture et le Ministre chargé du Budget, qui exercent un pouvoir de tutelle sur le PMU.